Müzede, son dönemde yenilenen “Müze Tarihi Eserler Koleksiyonu” ile Fatih Sultan Mehmed’in Vakfiyesi, Ayasofya’nın kubbesindeki Seraphim Melekleri’nin yüzünü kaplayan bronz madalyon, Hıristiyanlık dönemine ait ikonalar ve şamdanlar gibi bir çok nadide eser sergileniyor.